ในกรณีที่มีรายการพิเศษ ซึ่งทำให้แฟนพันธุ์แท้ 2012 ไม่สามารถออกอากาศตามเวลาปกติได้ สถานีวิทยุโทรทัศน์กองทัพบก ช่อง 5 จะเลื่อนเวลาออกอากาศ หรืองดการออกอากาศตามความเหมาะสม สำหรับการเลื่อนเวลาออกอากาศ หรือ งดออกอากาศ เคยปรากฏดังต่อไปนี้

• 10 สิงหาคม พ.ศ. 2555 ออกอากาศเวลา 22:15-23:00 นาฬิกา เนื่องจากททบ. 5 ถ่ายทอดสดการแข่งขันกีฬาโอลิมปิก 2012 ที่กรุงลอนดอน ประเทศอังกฤษ ทำให้รายการออกอากาศเร็วกว่าปกติก่อน 30 นาที
• 17 สิงหาคม พ.ศ. 2555 งดออกอากาศ เนื่องจาก ททบ. 5 ถ่ายทอดสดรายการพิเศษ งานราตรีน้อมเกล้าฯ ปี 2555 ตั้งแต่เวลา 22.45-00:15 นาฬิกา
• 23 ตุลาคม พ.ศ. 2555 รายการ แฟนพันธุ์แท้ ได้ออกอากาศ ในเวลา 13.15-14.10 น. จัดทำโปรแกรมพิเศษสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ 50 ปี โตโยต้า ในชื่อว่า "FAN SPECIAL 50 ปี โตโยต้า" นับเป็นครั้งแรกที่รายการ แฟนพันธุ์แท้ ออกอากาศช่วงกลางวันในปีนี้และปัญญา นิรันดร์กุลเป็นผู้ดำเนินรายการ
• แฟนพันธุ์แท้ ตอน วันพีช ถูกสั่งห้ามออกอากาศ เนื่องจากมีปัญหาทางลิขสิทธิ์กับทางประเทศญี่ปุ่น
• วันที่ 2 และ 9 พฤศจิกายน 2555 เป็นเทปพิเศษ เปิดตัวผู้เข้าแข่งขันสุดยอดแฟนพันธุ์แท้แห่งปี โดยจะเหมือน แฟนพันธุ์แท้ สกูป ผสมกับ Fan of the fan ที่จะพูดคุยชีวิตหลังการได้เป็นสุดยอดแฟนพันธุ์แท้ และท้ายรายการ จะเป็นการเล่นเกม 3 วินาที จิ๊กซอว์ และคุณสมบัติ เกี่ยวกับแฟนพันธุ์แท้ 2012